Die IUCN Red List 2007 führt sieben Krustentiere als kürzlich ausgestorben. Ein in Deutschland bekannter Angehöriger der Krustentiere, der Steinkrebs, ist vom Aussterben bedroht. Wie auch bei vielen anderen Tierarten ist die Hauptursache der Verringerung der Bestände ebenfalls die Einfuhr fremder Arten. So hat man 1972 den Amerikanischen Signalkrebs in Deutschland eingeführt, der die Krebspest überträgt, die für den Steinkrebs tödlich ist.
Ein vor noch gar nicht so langer Zeit ausgestorbenes Krustentier ist der ehemals auf Madagaskar beheimatete und 1996 ausgerottete Paulian's Hüpferling, ein Kleinkrebs. Neben der Bedrohung durch fremde eingeführte Arten, sind es oft auch chemische Giftstoffe, welche Verwendung in der Landwirtschaft finden, oder Umbauten (Betonierung etc.) an Flüssen, die das Aussterben von Krustentieren verursachen.